Moleküler Tıp Doktora Programı, 2012 yılı itibariyle Yeditepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde eğitim vermeye başlamıştır. Moleküler Tıp doktora programı, öğrencilerine hastalıkların temel mekanizmalarını irdeleme, yorum yapabilme ve bağımsız olarak araştırma yapabilme yeteneği kazandırır. Moleküler Tıp’ın farklı uygulama alanlarında çalışabilecek bilgi ve becerileri ile donatılmış, etik değerlere sahip, dünyadaki gelişmelere ayak uydurabilecek ve hayat boyu öğrenmenin önemini benimsemiş çağdaş bilim adamları yetiştirmek amacıyla bir eğitim planı yürütülmektedir. Eğitim planında zorunlu derslere ilave olarak, öğrencilere kendi tercihlerine göre seçebilme şansı sunulan seçmeli dersler de bulunmaktadır.