Programın temel amacı; çeşitli disiplinlerde bütünleştirilmiş geniş tabanlı uygulamalarla farmakognozi ve biyolojik bilimlerde en modern araştırma yöntemleri uygulayabilen, konusuna hakim, evrensel bilim insanı niteliklerini taşıyan, bir farmakognozi araştırmasını planlayıp gerçekleştirebilen ve elde ettiği verileri bilimin ve insanlığın yararına sunabilen, ulusal ve uluslararası ölçekte bilgili, aydın, yeterli ve yetkin Farmakognozi bilim doktoru yetiştirmektir.
Bu programın temel hedefi, doğanın zengin kimyasal çeşitliliğinden yararlanılarak sağlığın korunması ve hastalıkların tedavisi amacıyla ilaç moleküllerinin geliştirilmesi ve yeni moleküllerinin keşfine yönelik yöntemlerin öğrenilmesidir. Bu bağlamda, araştırmaların planlanması ve yürütülmesinde uygulanacak temel bilimsel yöntemlerin aktarılması, ilaca yönelik çalışmalarda kaynak oluşturan, doğal kaynaklara ait halk tedavi kültürlerindeki kullanılışları ile ilgili bilgilerin derlenmesi, doğal kaynaklardan hareketle kimyasal ve biyolojik yöntemler ile etken bileşenlerin ayırımı ve spektroskopik yöntemlerle yapısal analizi, ilaca olarak yararlanılan dal ürünlerde kalitatif ve kantitatif analiz yöntemleri gibi temel konularda izlenecek yöntemler verilerek bu konularda geliştirmiş araştırmacılar yetiştirmektir.
