Periodontoloji anabilim Dalının doktora eğitiminde amaç; çağdaş ve uluslararası standartlarda yetişmiş, dişleri, implantları ve bunları çevreleyen yumuşak ve sert dokuların sağlık ve hastalıktaki durumlarını inceleyen, bu dokularda meydana gelen iltihabi hastalıkların teşhisi, tedavisi ve tedavi sonrası elde edilen sağlığın korunmasını amaçlayan, alanında ileri bilgiye sahip olan ve güncel gelişmeleri takip eden doktoralı Periodontoloji uzmanları yetiştirmektir.
Periodontoloji Anabilim Dalının doktora programının temel hedefi; çağdaş ve uluslararası standartlarda hastaların tanı ve tedavilerini başarı ile gerçekleştirebilecek, diş hekimliğine özel ileri görüntüleme tekniklerini kullanabilecek, diş ve çevre dokularının implant çevresi hastalıklarının tedavilerini gerçekleştirebilecek ve bilimsel gelişmeleri takip edecek Periodontoloji uzmanı yetiştirmektir.